病原微生物也是一种重要的致畸因素。支原体、衣原体、巨细胞、疱疹病毒、梅毒病毒，这些病原体会直接把自己的遗传信息糕合到人类的染色体上，造成宝宝的DNA出现微小的异常，也许宝宝在出生时没有什么异常，但患癌症、代谢性疾病的危险可能比别的孩子高。
另外，如果妻子感染了病毒，出现宫内感染，那胎儿畸形的可能性就更高了。
很多药物也比较危险，所以医生一般建议有传染病的患者最好不要在病没完全治愈时要宝宝，因为有很多治疗传染病的药物会对精子有影响。除了治疗传染病的药物外，还有一些精神科的药物也对精子有明显的致畸作用。
