先天智力低下是先天发育缺陷造成的。造成的原因不都是遗传所致，有的与遗传有关，有的与环境因素有关，有的与母亲患病有关。
1．与遗传相关的病因
多有家族遗传现象或者父母为近亲结婚。与遗传有关的智力低下占先天智力低下的40%左右。这种智力低下需要具体明确遗传类型，在医生的指导下再进行下一次怀孕。
·染色体病引起的先天智力低下，如先天愚型（21-三体综合征）、脆性X综合征、性染色体病的智力低下程度较轻。
·先天代谢病引起的先天智力低下，如甲状腺功能低下、苯丙酮尿症、半乳糖血症等，由于身体营养物质代谢紊乱而导致脑细胞发育停止或异常。另外，小头畸形所致智力低下，为双亲智力低下遗传所致。
2．非遗传致病病因
没有家族遗传现象，非遗传性智力低下占先天智力低下的60%左右。应该努力查找病因，消除病因。
(1)环境因素伤害
母亲怀孕期接触有毒物质，接触甲基汞、铅、酒精、X射线等，影响大脑神经发育，还有缺碘造成的智力低下。
(2)子宫内环境异常
例如母亲患有妊娠期高血压，因宫内缺氧导致的胎儿窒息，造成胎儿脑细胞损伤；营养不良和疾病引起胎儿贫血和缺氧造成胎儿宫内发育迟缓；还有早产儿也容易出现智力低下。
(3)药物毒性作用
早孕胚胎期错误地用药，药物毒性作用所致。
(4)宫内病毒感染
如巨细胞病毒、风疹病毒、单纯疱疹等感染胎儿所致。
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