生殖细胞性肿瘤可发生于任何一个原始生殖腺正常或异位移行的部位。正常原始生殖腺的移行常沿着躯体中轴进行,因此除原发于小儿卵巢和睾丸外,生殖细胞瘤多数发生于中线部位,如移行至松果体、纵隔、后腹膜、骶尾部等。