(1)病毒感染
病毒的本质也是核苷酸，与DNA结构很相似，一旦进入细胞核很容易整合到基因DNA之中，取代一段正常的DNA。常见的有风疹病毒、巨细胞病毒、细小病毒等。
(2)物理因素
X射线、微波交流电、高电频通信设备等发出的电离辐射可以破坏DNA的结构。最常见的是医疗检查X射线，因为穿透性强，可直接作用于细胞核，容易导致基因突变。许多农业科学实验就是利用这个原理，用X线直接照射种子细胞来观察细胞核的变异，从而改良种子品质。
(3)化学药物
药物对准妈妈的伤害是有历史教训的。例如20世纪50年代，在德国等发达国家，一种叫做反应停的药物由于止吐效果很好，而被广泛应用于治疗早孕期呕吐。结果，许多母亲在早孕期服用过反应停的新生儿都出现了罕见的先天畸形，表现为无肢畸形和短肢畸形，被称为海豹肢畸形儿。
经研究，反应停有明显的胎儿毒性，怀孕一个半月以内服用的致畸率接近100%。当年的德国至少有5000名儿童受到伤害，故相关部门立即下令禁止孕期服用反应停。从此，人们对药物可能产生的致畸作用逐渐重视起来。
临床上经常使用的可能致畸的药物种类较多，例如抗癌药、治疗精神疾患药、某些抗菌药、激素类药、避孕药和治疗厌食症的药物。
(4)环境化学剂
有机化学物质，如杀虫剂、有机汞、甲醛等，均会造成胚胎细胞代谢异常。
(5)母亲代谢性疾病
糖尿病、甲状腺激素异常、酒精中毒、食人毒素也都会对胚胎产生毒性作用。
