治疗病毒性心肌炎目前尚无特效疗法，主要靠对症和支持疗法。急性发病期的3-4周内应多卧床休息，减少活动。等病情稳定、心脏大小恢复正常后再逐渐增加活动，限制活动量不少于3个月。心脏扩大明显者应卧床休息6个月至1年。限制活动的目的，是使心脏跳动次数减少，让有病的心脏能得到相对多的时间修复。
另外，可用保护心肌的药物如维生素C、三磷酸腺苷(ATP)、辅酶Q10、高渗葡萄糖等，可改善心肌代谢，增强心肌收缩力，提高心搏出量而不增加氧和糖原的消耗。皮质激素主要用于心源性休克和完全性房室传导阻滞患儿。
如果有心衰则应用洋地黄类药物控制心衰。在心肌炎病程中，以及恢复期往往遗留心律失常，而且持续时间较长，不易恢复，可在医生指导下针对病情服用抗心律失常药物，如阿米达龙（乙）胺碘呋酮、心律平等。
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