消化系统肿瘤及泌尿生殖系统肿瘤是儿童常见腹部肿瘤，其中以肾母细胞瘤最为常见，因而放射治疗亦是不可或缺的治疗手段。
(1)胃肠道的损伤：早期反应包括胃肠道黏膜炎症、消化和吸收功能障碍、腹泻、慢性肠道感染及短肠综合征等较为常见，而早期反应与消化道照射体积及总剂量及剂量分割模式相关。采用对症治疗多数可获临床缓解。在晚期反应中放射治疗引起的慢性胃肠道损伤及肠道纤维化和粘连相对少见，而且与照射剂量密切相关，40～50Gy时其发生率约为5010，当放疗剂量达到60Gy时，发生率相应的增加到40%。当放疗剂量控制在≤42Gy时，发生率明显降低。但腹部放疗长期幸存者中最常引起也是最严重的反应，即诱发恶性肿瘤和髓细胞性白血病。
(2)肝脏损伤：由于肝脏具有一定代偿性，且放射性损伤往往与肝硬化基础疾病有关，而在儿童阶段目前放疗模式下肝脏放射治疗后病毒性肝病、迟发的肝损伤相对少见。肝脏的常规耐受剂量在30~35Gy，肝的较小靶区的放疗能够耐受相对较高的剂量。
(3)泌尿生殖系统的损伤：泌尿生殖系统最主要的损伤为慢性肾损伤，主要包括管型尿、肾功能障碍、肾性高血压及肾动脉狭窄。肾脏损伤与肾脏接受的照射体积及靶区剂量密切相关，由于既往多采用传统二维治疗模式，难以确定肾脏照射体积及剂量，且肾脏具有一定代偿功能，详细完整的儿童临床资料较少，多数参考成人剂量数据。有资料显示，肾脏放疗同时联合化疗如阿霉素、放线菌素D等将会增加肾功能损伤，在多数患儿均需接受放化疗的今天，需要临床加以重视。膀胱损伤，早期反应可引发患儿膀胱刺激症状，部分会出现血尿，增加感染机会，尤其是放疗联合环磷酰胺及异环磷酰胺化疗，但放疗剂量≤40Gy时其发生率仅为5010。而晚期反应包括膀胱纤维化和功能损伤，当放疗剂量≥45Gy时其发生率明显增加，其常见的症状为遗尿、夜尿增多和尿频。在临床中接受高压氧治疗会减轻临床症状，甚至有资料报道其膀胱损伤可能是可逆性的。尚需进一步临床观察。
(4)性腺损伤：放射治疗引起的性腺损伤与患者的年龄、性别和累积剂量相关。男孩中放疗引起精子数量减少因放疗分次剂量的不同而有所差异，通常在0.1—6Gy。当睾丸接受≥3Gy照射时，可引起不可逆性的精子缺乏症和睾丸萎缩。然而青春期性腺放疗的患者通过男性荷尔蒙激素的治疗，可以降低性腺损伤。对腹部、盆腔及脊柱放疗同样会增加女孩卵巢的损伤。年龄越小患者的卵巢对放疗的耐受性越好，青春期的女孩卵巢放疗剂量≥20Gy时可引起永久性功能损伤。对于腹盆部和脑部放疗的年轻女孩应用卵泡刺激素对症治疗，能够降低放疗引起的卵巢功能损伤，而对于接受放疗剂量在18~24Gy，并且经历了青春期和有过初潮的女孩则无需荷尔蒙激素治疗。对于在青春期需要腹盆部放疗的女孩，通过卵巢移位术可能会更好地保护卵巢功能。
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